Mã lấy thư viên y khoa Mỹ PubMed bằng R

[giaban]1 USD [/giaban] [giacu] 2 USD [/giacu] [tomtat]

Đoạn mã cho phép bạn lấy dữ liệu từ thư viện y khoa Mỹ PubMed.

 [/tomtat] [chitiet]

Chương trình R

Thư viện y khoa Mỹ PubMed

Đoạn mã cho phép lấy dữ liệu từ thư viện

Từ khóa qua trọng trên PubMed

Đoạn mã cho phép bạn lấy dữ liệu từ thư viện y khoa Mỹ PubMed. Với đoạn mã này cho phép bạn lấy 1000 chỉ mục trong thư viện.

Hướng dẫn sử dụng:
1. Cài phần mềm R từ trang https://www.r-project.org/
2. Tải file chứa đoạn mã https://github.com/quocdat/PharmStat/blob/master/pubmed_collection_data.R

Hoặc copy đoạn mã sau:

#install.packages("RISmed")
# First, automagically install needed libraries:
list.of.packages <- c("RISmed")
new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages, repos='https://cran.rstudio.com/', dependencies = TRUE)
library(RISmed)

# setwd("Z:/BioMedSyn/R/project/PubMed and RISmed/")
# search_topic <- 'copd'
# Where do you save data search
getwd()
search_topic <- readline(prompt="Enter an key search: ") # for example Nexium
#search_query <- EUtilsSummary(search_topic, retmax=1000, mindate=2012,maxdate=2012)
search_query <- EUtilsSummary(search_topic)
summary(search_query)

# see the ids of our returned query
QueryId(search_query)

# get actual data from PubMed
records<- EUtilsGet(search_query)
class(records)

# store it
pubmed_data <- data.frame('Title'=ArticleTitle(records),'Abstract'=AbstractText(records))
head(pubmed_data,1)
# Write txt in R
write.table(pubmed_data, file='pubmed_collection_data.txt')
# Write CSV in R
write.csv(pubmed_data, file = "pubmed_collection_data.csv")

# First, automagically install needed library xlsx for save file to xlsx:
# list.of.packages <- c("rJava", "xlsx")
# new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
# if(length(new.packages)) install.packages(new.packages, repos='https://cran.rstudio.com/', dependencies = TRUE)
# install.packages("xlsx", dependencies = TRUE)
# library(xlsx)
# write.xlsx(pubmed_data, "pubmed_data_nexium.xlsx")

pubmed_data 
pubmed_data$Abstract <- as.character(pubmed_data$Abstract)
pubmed_data$Abstract <- gsub(",", " ", pubmed_data$Abstract, fixed = TRUE)

# see what we have
str(pubmed_data)

# Write txt in R
write.table(pubmed_data, file='pubmed_collection_data_1.txt')
# Write CSV in R
write.csv(pubmed_data, file='pubmed_collection_data_1.csv')

Save lại thành file R
3. Save đoạn mã vào folder bạn muốn, ví dụ PubMed
4. Bạn có thể chạy file R từ file Batch sau:
Mã file batch:
Cho Windows 32bits
@echo off
mode con: cols=100 lines=20
Title "RUN R FILE"
color A1
@ echo on
RUN R FILE
@echo off
"C:\Program Files (x86)\R\R-3.5.0\bin\x64\Rscript.exe" "pubmed_collection_data.R"

Windows 64 bit

@echo off

mode con: cols=100 lines=20

Title "RUN R FILE"

color A1

@ echo on

RUN R FILE

@echo off

set /p id=ENTER FILE R NAME YOU WANT RUN:

"C:\Program Files\R\R-3.5.0\bin\x64\Rscript.exe" "pubmed_collection_data.R"

Copy đoạn mã, dán vào notepad, save file với tên mở rộng .bat

Có thể mở chương trình từ chương trình R và chạy file.

5. Khi file chạy đến đoạn ENTER KEY SEARCH, bạn gõ từ khóa muốn kiếm ví dụ ibuprofen drug delivery

6. Chạy file, dữ liệu sẽ lưu thành file pubmed_collection_data.txt và pubmed_collection_data.txt

7. Mở file  pubmed_collection_data.txt và pubmed_collection_data.txt để xem dữ liệu.

Quá trình lấy dữ liệu rất nhanh gọn.

Chúc bạn thành công

Liên hệ và trả lời câu hỏi: info@nghiencuuthuoc.com

 [/chitiet] [hot] Giảm -13% [/hot][kythuat] [/kythuat] [video]


[/video] [danhgia][/danhgia]